Центр коллективного пользования
"Биотехнология и генетическая инженерия"


Руководитель
член-корр. РАН, д.б.н. Булгаков Виктор Павлович
Заместитель
к.б.н. Шкрыль Юрий Николаевич

Контакты
690022
г.Владивосток, проспект Столетия, 159,
ФНЦ Биоразнообразия ДВО РАН

Тел. +7 (423) 237-52-79
E-mail: bulgakov@ibss.dvo.ru, yn80@mail.ru

ЦКП «Биотехнология и генетическая инженерия» создан на базе БПИ ДВО РАН постановлением Президиума ДВО РАН от 01.12.2006 № 116.

Основные научные и научно-технические задачи

  • Изучение молекулярных механизмов ответа клеток на стрессовые воздействия и воздействие патогенов.
  • Поиск новых генно-инженерных способов улучшения хозяйственно важных характеристик клеток высших организмов.
  • Изучение белок-белковых взаимодействий, белковых кластеров и сетей в системной биологии.
  • Изучение молекулярных механизмов активации биосинтеза вторичных метаболитов в клеточных культурах ценных лекарственных растений.
  • Определение содержания металлов в биологических объектах.
  • Изучение миграционных потоков элементов в системе малого биологического круговорота.
  • Изучение физико-химических свойств и внутренней организации почвенной системы.
  • Разработки в сфере бионанотехнологий – получение наноструктурных материалов и наночастиц с помощью методов биотехнологии и генетической инженерии, исследование их свойств и возможностей применения на практике.

Оборудование

Микроскопия

Конфокальный микроскоп LSM 510 META

Производство: Сarl Zeiss, Германия, 2005

Оценка процессов экспрессии трансгенов в живых клетках. Изучение динамики экспрессии и локализация рекомбинантных белков. Изучение процессов окислительного взрыва и токов кальция в живых клетках, качественная и количественная оценка кинетики внутриклеточного транспорта в микрокомпартментах клеток. Исследование межмолекулярных и белок-белковых взаимодействий. Инвертированный микроскоп Axiovert 200 M с конфокальной приставкой LSM 510 META. Лазеры: Ar-laser (458, 477, 488, 514 nm, 30 mW); HeNe-laser (543 nm, 1 mW); HeNe laser (633 nm, 5 mW (integrated); UV laser for LSM 510 Laser Enterprise II 653 (80 mW UV).

Конфокальный микроскоп LSM 710 LIVE

Производство: Сarl Zeiss, Германия, 2010

Изучение динамики экспрессии и локализации рекомбинантных белков. Изучение процессов окислительного взрыва и токов кальция в живых клетках, качественная и количественная оценка кинетики внутриклеточного транспорта в микрокомпартментах клеток. Исследование межмолекулярных и белок-белковых взаимодействий. Сканирующая лазерная приставка LSM 710 LIVE позволяет увеличить скорость сканирования до 120 рамок/с, что дает возможность наблюдать быстрые внутриклеточные процессы с высоким разрешением. Инвертированный микроскоп Observer.Z1 с двумя сканирующими лазерными приставками: LSM 710 (лазеры: Diod 405-30, 50 mW; Diod 488-100 (489), 35 mW; DPSS 561-40 (561), 40 mW; Argon 458, 488, 514, 35 mW; HeNe 543, 1 mW; HeNe 633, 5 mW); LSM 710 LIVE (лазеры: Diod 405-50, 50 mW; Diod 635-35, 35 mW). Получение 3D-изображений с высоким разрешением до 6144 х 6144 pixels и сканирование по длинам волн (λ-сканирование) для спектрального анализа объекта. Встроенная DIC оптика.

Сканирующий электронный микроскоп EVO 4O

Производство: Сarl Zeiss, Германия, 2005

Сканирующий электронный микроскоп высокого разрешения с устройством для напыления золота. Получение изображений поверхности микрообъектов с большим разрешением (< 1 мкм). Изображения выглядят трехмерными и удобны для изучения структуры поверхности. Увеличение от 7х до 100 000х. Режимы низкого, сверхнизкого вакуума (диапазон 1–750 Па), окружающего давления (до 3000 Па).

Аппарат для высокопроизводительного нанесения покрытий на образцы и производства тонкопленочных структур HEX

Производство: Mantis Deposition Ltd, Великобритания, 2014

Аппарат для высокопроизводительного нанесения покрытий на образцы и производства тонкопленочных структур. Размер мишени до 5 см, толщиной от 1 до 6 мм. Вакуум – 10-6 торр использование широкого спектра материалов для формирования тонкопленочных покрытий Магнетронный источник модели FISSION. Система поддерживает установку до 3-х источников

Криостат CryoStar NX70

Производство: Thermo Fisher Scientific, США, 2013

Высокоточный криостат, которые позволяют подобрать оптимальные режимы работы для разного типа тканей. Температура охлаждения образца во время резки в диапазоне от - 50°C до +10°C. Температура охлаждения лезвия ножа в диапазоне от - 35°C до -5°C. Встроенное устройство быстрой заморозки до -60°C на основе элемента Пельтье. Панель для хранения и заморозки 18 образцов. Установка толщины среза в диапазоне от 0,5 до 500. Автоматическая резка с установкой скорости от 0 до 256 мм/сек.

Микроскоп инвертированный Axio Observer (Palm Micro Beam микродиссектор)

Производство: Carl Zeiss, Германия, 2012

Исследовательская платформа для эффективного наблюдения и регистрации сложных многоступенчатых экспериментов с живыми клетками. Устройство для лазерной микродиссекции обеспечивает бесконтактное выделение фрагментов клеток, отдельных клеток, групп клеток из срезов биологических тканей Система освещения проходящего света — галогеновая лампа (12В, 100 Вт). Модуль для флуоресцентного анализа — ртутная лампа с саморегулировкой HBO103 (100 Вт). Окуляры — 10х/20; 10х/23; 16х/16. Объективы — 1,25х-100х, A-Plan, Achroplan, Plan-Neofluar, больших рабочих расстояний LD Plan-Neofluar, Apochromat.

Микроскоп электронный сканирующий Merlin

Производство: Carl Zeiss, Германия, 2015

Сканирующий электронный микроскоп с полевым эмиссионным катодом, колонной электронной оптикиGEMINI-II и безмаслянной вакуумной системой. Оснащен энерго-дисперсионным спектрометром, который позволяет проводить элементный анализ. Морфология поверхности с разрешающей способностью 0,8 нм. Микрозондовый элементный анализ. Построение карт по фазовому контрасту.

Протеомный анализ

Тандемный времяпролетный масс-спектрометр с матричной лазерной десорбцией/ионизацией Autoflex Speed

Производство: Bruker Daltonik GmbH, Германия, 2013

Технологии MALDI-TOF и TOF/TOF оптимизированы как для традиционных приложений (анализа белков/пептидов, полимеров), так и для исследований в новейших областях: молекулярной визуализации в тканях – MALDI-Imaging, и при анализе гликанов. Технология активно применяется в клинической практике для идентификации микроорганизмов (MALDI Biotyper). Лазерная технология smartbeam™-II с регулируемой частотой лазера до 1,000 Гц. Диаметр фокуса пятна варьируется от 10 мкм. Запатентованная технология PAN позволяет работать в широком диапазоне масс с разрешением более 26,000. Уникальный FlashDetector в сочетании с 4ГГц аналого-цифровым преобра- зователем обеспечивает точность определения масс с погрешностью не более 2 ppm.

Масc-спектрометрический комплекс на базе масс-спектрометра типа «ионная ловушка» HCT Ultra ETD II System и нано-ЖХ система Proxeon’s Easy-nLC

Производство: Bruker Daltonik GmbH, Германия, 2008

Идентификация белков. Сверхбыстрый и высокопроизводительный масс-спектрометр «ионная ловушка» с ионизацией электроспреем для анализов HPLC-ESI-MS(n) с технологией ETD II для изучения посттрансляционных модификаций. Диапазон масс до 12 кДа. Разрешение 0.45 массы на полувысоте пика во всем диапазоне масс. Регистрация в режиме положительных и отрицательных ионов. Функция ETD – диссоциация с переносом электрона. Система обработки и хранения информации для исследований в области протеомики на базе однопроцессорной станции (4GB RAM, RAID-10 HDD 4x 400 GB).

Химический принтер CHIP-1000

Производство: Shimadzu, Япония, 2010

Пьезоэлектрическое бесконтактное пикодозирование нескольких реагентов в заданных точках. Используется для нанесение антител, ферментов, красителей и других реагентов на биологические препараты (срезы тканей) или мембраны с перенесенными на них белками. Повторный анализ одного и того же образца для иммуноблоттинга и масс-спектрометрии. Объем каждой капли менее 100 пл. Внутренний диаметр капилляра 55 мкм. 4 пьезоэлектрические печатающих головки.

Система автоматического капиллярного электрофореза PA 800 plus

Производство: Beckman Coulter, США, 2010

Устройство для разделения биомолекул методом капиллярного электрофореза. Качественный и количественный анализ белков в ручном или автоматическом режиме методами капиллярного зонального электрофореза, гель электрофореза, изоэлектрофокусирования и электрохроматографии. Максимальное давление: 6,8 бара. Максимальное напряжение: 30 кВ. Детекторы: UV, PDA, LIF.

Станция для выделения нуклеиновых кислот и белков QIAcube

Производство: QIAGEN, США, 2010

Устройство предназначено для автоматического выделения геномной и плазмидной ДНК, РНК, и рекомбинантных белков из различных образцов методом колоночной фильтрации. Обеспечивает полный цикл выделения от лизиса образцов до элюции нуклеиновых кислот и белков высокой степени очистки. Выделение и очистка ДНК, РНК или белков из 2-12 образцов за один запуск. Предустановленные протоколы выделения.

Автоматизированная хроматографическая система для очистки белков Profinia Protein Purification System

Производство: Bio-Rad Laboratories, США, 2009

Система предназначена для автоматического выделения и обессоливания белков, слитых с аффинными тагами (6хHis, GST). Предусмотрены методы выделения в нативных и денатурирующих условиях. Скорость потока 0.2–20 мл/мин. Максимальное давление 3.4 бар. Детекторы: UV (280 нм). Электропроводность (0–500 мСм/см), pH (1–14).

Комплекс оборудования для протеомного анализа

Производство: Bio-Rad Laboratories, США, 2007

Для разделения смеси белков в полиакриламидном геле в градиенте pH в зависимости от величины их изоэлектрических точек с использованием IPG (Immobilized pH gradient) пластинок (стрипов). Напряжение 50–10 000 В. Рабочий ток 0–2.4 мА. Мощность 0–24 Вт.

Видеодокументирующая система для анализа двумерных гелей VersaDoc MP 4000 PS System

Производство: Bio-Rad Laboratories, США, 2007

Для качественного и количественного анализа флуоресцентно или колориметрически окрашенных одномерных или двумерных гелей. Возбуждение светом: 325, 468, 528, 635 нм. Фильтры эмиссии: 530BP, 605BP, 640BP, 695BP. Детектор: высокочувствительная 3,2 мегапиксельная CCD камера с разрешением 53 мкм.

Система для мультицветного сканирования результатов протеомного анализа Pharos FX Plus System

Производство: Bio-Rad Laboratories, США, 2009

Для мультицветного сканирования методом DIGE гелей, блотов или микропланшет. Высокочувствительная детекция флуоресцентных красителей (FITC, SYBR, Cy-3, Cy-5 и др.), колориметрический анализ гелей, определение различных изотопов. Источник возбуждения: лазерный диод (532, 635 нм) и аргоновый лазер (488 нм). Фильтры эмиссии: 390BP, 530BP, 605BP, 640BP, 695BP. Разрешение сканирования: 50, 100, 200 и 800 мкм.

Автоматизированная система мультиплексного анализа белков Bio-Plex 200 System

Производство: Bio-Rad Laboratories, США, 2009

Проточный лазерный иммуноанализатор нового поколения основан на реакции взаимодействия антиген–антитело на поверхности окрашенных полистирольных микросфер диаметром 5 мкм. Качественный и количественный анализ осуществляется с помощью высокочувствительного двухлазерного детектора. Комплектность: флюоресцентный детектор, автоматизированная промывающая станция и платформа для работы с 96-луночными микропланшетами. Два диодных лазера: 532 и 635 нм. Детекторы с динамическим разрешением 12–14 бит на пиксель. Высокая достоверность результатов достигается за счет применения специализированной системы валидации прибора.

Записи нет. Требуется техническое обслуживание

Автоматизированный оптический биосенсор ProteON XPR36 Protein Interaction Array System

Производство: Bio-Rad Laboratories, США, 2009

Изучение взаимодействия белков методом поверхностного плазмонного резонанса. Позволяет одновременно измерить взаимодействие с лигандами шести различных белков и получить кинетические профили взаимодействия в одном эксперименте. Кинетические профили взаимодействия обеспечиваются программой One-Shot KineticsTM, обрабатывающей данные с микрочипов. Преимущества над аналогами: измерения в режиме реального времени, свободные от метки, измерение кинетики. Анализ до 36 взаимодействий на одном чипе. Диапазон коэффициентов преломления 1.33–1.37. Аналитический диапазон сигнала 1–40000 RU. Уровень шума <1 RU. Дрейф сигнала <1 RU.

Анализатор размера, зета-потенциала и концентрации наночастиц NS500

Производство: NanoSight, Великобритания, 2013

Анализатор размера, концентрации дзета-потенциала частиц на основе анализа траектории их Броуновского движения. Размер частиц: 10 нм – 2000 нм. Концентрация частиц: 106 - 109 частиц в мл. Длина волны регистрации: 405 нм (фиолетовый), 488 нм (синий), 532 nm (зеленый) или 642 нм (красный).

Система для проведения цифровой капельной ПЦР QX200

Производство: Bio-Rad, США, 2014

Система QX200 Droplet Digital PCR предназначена для проведения цифровой капельной ПЦР третьего поколения. QX200 обеспечивает абсолютную количественную оценку ДНК- и РНК-мишеней как с помощью зондов так и с помощью интеркалирующего красителя EvaGreen, исключая использования калибровочных кривых . Каналы детектирования FAM (EvaGreen), HEX (VIC). Точность ±10%. Количество капель на образец – 20000.

Жидкостной хроматограф 1260 Infinity II LC System

Производство: Agilent Technologies, США, 2013

Система высокоэффективной жидкостной хроматографии. Рабочие давления подвижной фазы до 600 бар (поток 5 мл/мин). Частота сбора данных диодно-матричного детектора до 80 Гц. Мертвый объем, на уровне 120 мкл

Ферментер WAVE Bioreactor 2/10

Производство: GE Healthcare Life Sciences, США, 2012

Ферментер для культивирования клеток с волновым типом перемешивания. Рабочий объем – от 0.2 до 5 л. Контроль скорости и угла наклона, температуры и аэрации.

Термоциклер для амплификации нуклеиновых кислот CFX96

Производство: Bio-Rad Laboratories, США, 2009

Амплификатор для ПЦР "в реальном времени". Диапазон изменения температуры, 4 - 100 гр. С. Максимальная скорость нагрева и охлаждения 5,0 гр. С/сек. Диапазон возбуждения/детекции флюоресценции 450-730 нм. 96 пробирок объемом 0,2 мл, стрипы из 0,2 мл пробирок или 96-луночный планшет.

Система для автоматизированного электрофореза Experion System

Производство: Bio-Rad Laboratories, США, 2010

Платформа для анализа нуклеиновых кислот и белков. Объем образца: 1-4 мкл. Источник света: светодиодный лазер. Формат: 16-луночные чипы.

Секвенирование ДНК

Спектрометр с модулями для изучения органических систем GS Junior

Производство: Roche, США, 2012

Секвенатор нового поколения. В основе работы GS Junior лежит технология 454 Sequencing, разработанная компанией 454 Life Sciences и базирующаяся на методе пиросеквенирования. >40 миллионов высококачественных, отфильтрованных нуклеотидов за один запуск. Средняя длина более 400 нуклеотидов. Точность 99% для 400 нуклеотидов.

Секвенатор ДНК ABI PRISM 3130 Genetic Analyzer, четырехканальный

Производство: Applied Biosystems, США, 2007

Определение нуклеотидных последовательностей ДНК и РНК. Автоматический секвенс фрагментов ДНК. Установление структуры генов, а также продуктов обратной транскрипции мРНК. Составление и чтение библиотек кДНК. Анализ фрагментов AFLP и микросателлитов в молекулярной генетике. Многоцветное детектирование: 5-FAMв, 6-FAMв, JOEв, VICв, NEDв, PETв, TAMRAв, HEXв, LIZв. Капилляры с внутренним покрытием длиной 22, 36, 50 и 80 см для различных видов использования. Детекция и оптика: аргон-ионный многолучевой лазер с возбуждением 488 и 514.5 нм. Двустороннее освещение для усиления однородности сигнала. Детектор: CCD камера.

Записи нет. Требуется техническое обслуживание

Элементный анализ

Рентгенофлуоресцентный спектрометр EDX-800P

Производство: Shimadzu, Япония, 2011

Расширенное определение общего химического состава почвенно-растительного комплекса и других объектов окружающей среды (диапазон определяемых элементов от Be (пор. № 4) до U (пор. № 92), изучение связи между концентрацией элементов и различными фазами почв (органической, минеральной). Рентгеновский генератор – трубка с Rh-анодом, воздушное охлаждение, напряжение 5–50 кВ, ток 1–1000 мкА. Диаметр облучаемой площади 10 мм. Анализ на воздухе, в вакууме или среде гелия. Устройство для вращения образца. Приставка для прецизионной установки образца. Цифровая камера для наблюдения образца.

Элементный анализатор углерода и азота в почвах, осадках и фильтрате Flash 2000

Производство: Thermo Fisher Scientific, США, 2011

Определение содержания органического вещества почв, степени его разложения и концентрации двух биофильных элементов в почвах (C, N). Температура реактора 1800oC. Цикл анализа 1 образца – 6 мин. Предел измерения от 100 ppm до 100%.