ФНЦ Биоразнообразия ДВО РАН

Лаборатория геносистематики сформирована в 2013 г. на базе Группы молекулярной генетики – отдельного структурного подразделения Биолого-почвенного института, созданного в 1988 г., тематика работ которого изначально концентрировалась вокруг двух направлений: (1) изучение организации и эволюции ядерного генома позвоночных животных (А.А. Гинатулин, Л.К. Гинатулина, А.Г. Калина, Г.А. Немкова), (2) исследование изменчивости митохондриальной ДНК лососевых рыб на популяционном и межвидовом уровнях (Л.К. Гинатулина, С.А. Машкин, И.Л. Мирошниченко, С.В. Шедько).

Основные направления исследований, проведенных нынешним составом подразделения:

Исследование генетической изменчивости, внутри- и межвидовой генетической дифференциации в ряде проблемных (частью – модельных) группах рыб, вызывающих интерес в плане выяснения истории их происхождения, таксономического статуса, филогенетических связей и анализа особенностей диверсификации во времени, а также изучения организации и эволюции их геномов (Г.А.Немкова, И.Л. Мирошниченко, С.В. Шедько):

1.       Гинатулина Л.К., Шедько С.В., Мирошниченко И.Л., Гинатулин А.А. 1988. Дивергенция последовательностей митохондриальной ДНК тихоокеанских лососей // Журнал эволюционной биохимии и физиологии . - Т. 24. №. 4. С. 477-482.

2.       Шедько С.В. 1991. О скорости эволюции митохондриальной ДНК лососевых рыб // Журнал эволюционной биохимии и физиологии . - Т. 27. №. 2. С. 249-254 <191-195>.

3.       Шедько С.В. К систематике микижи Salmo mykiss (Salmonidae, Salmoniformes): рестрикционный анализ митохондриальной ДНК // ЗООЛОГИЧЕСКИЙ ЖУРНАЛ. (ZOOLOGICHESKY ZHURNAL) 1991. Т. 70. №. 4. С. 151-156 <151-155>.

4.       Шедько С.В. 1992. О точности оценок дистанций, получаемых на основе рестрикционных карт и наборов фрагментов, на примере компьютерной имитации рестрикционного анализа HindIII-фрагмента митохондриальной ДНК лососей // Генетика . - Т. 28. №. 3. С. 174-181.

5.       Шедько С.В., Гинатулина Л.К. Рестрикционный анализ митохондриальной ДНК двух форм ленка Brachymystax lenok (Pall.) и тайменя Hucho taimen (Pall.) // Генетика . 1993. Т. 29. №. 5. С. 799-807.

6.       Shed’ko S.V., Ginatulina L.K., Parpura I.Z., Ermolenko A.V. Evolutionary and taxonomic relationships among Far-Eastern salmonid fishes inferred from mitochondrial DNA divergence // Journal of Fish Biology. 1996. Vol. 49. Issue 5. P. 815-829.

7.       Омельченко В.Т., Салменкова Е.А., Шедько С.В. 2002. Аллозимная изменчивость и генетическая дивергенция мальмы (Salvelinus malma Walbaum) Курильских островов // Генетика . - Т. 38. №. 9. С. 1259-1269 <1066-1075>.

8.       Шедько С.В. Филогения митохондриальной ДНК лососевых рыб подсемейства Salmoninae: анализ последовательностей гена цитохрома b // Генетика. 2002. Т. 38. №. 3. С. 357–367. (Shedko S.V. Phylogeny of mitochondrial DNA in salmonids of the subfamily Salmoninae: analysis of the cytochrome b gene sequences // Rus. J. Genetics. 2002. V. 38. № 3. P. 277–285.)

9.       Ito Y., Sakai H., Shedko S.V., Jeon S.-R. 2002. Genetic differentiation of the northern Far East cyprinids, Phoxinus and Rhynchocypris // Fisheries Science. - Vol. 68. Supp. I. P. 75-78.

10.   Шедько С.В. Филогенетические связи ленков рода Brachymystax (Salmonidae, Salmoniformes) и особенности их видообразования: Дис. ... канд. биол. наук. Владивосток: Биолого-почвенный институт ДВО РАН, 2003. 207 c. (Шедько С.В. Филогенетические связи ленков рода Brachymystax (Salmonidae, Salmoniformes) и особенности их видообразования. Владивосток: LAP Lambert Academic Publishing, 2012. 206 с.)

11.   Sakai H., Ito Y., Shedko S.V., Safronov S.N., Frolov S.V., Chereshnev I.A., Jeon S., Goto A. Phylogenetic and Taxonomic Relationships of Northern Far Eastern Phoxinin Minnows, Phoxinus and Rhynchocypris (Pisces, Cyprinidae), as Inferred from Allozyme and Mitochondrial 16S rRNA Sequence Analyses // ZOOLOGICAL SCIENCE. 2006.Vol. 23. N 4. P. 323-331.

12.   Шедько С.В. Мирошниченко И.Л. 2007. Филогенетические связи подкаменщика Волка Cottus volki Taranetz, 1933 (Scorpaeniformes, Cottidae) согласно результатам анализа контрольного участка митохонриальной ДНК // ВОПРОСЫ ИХТИОЛОГИИ . - Т. 47. №. 1. С. 26-30 <21-25>.

13.   Шедько С.В., Гинатулина Л.К., Мирошниченко И.Л., Немкова Г.А. Филогеография митохондриальной ДНК южной азиатской мальмы Salvelinus curilus Pallas, 1814 (Salmoniformes, Salmonidae): опосредованная интрогрессия генов? // Генетика. 2007. Т. 43. № 2. С. 227–239. (Shedko S.V., Ginatulina L.K., Miroshnichenko I.L., Nemkova G.A. Phylogeography of mitochondrial DNA in South Asian Dolly Varden char Salvelinus curilus Pallas, 1814 (Salmoniformes, Salmonidae): mediated gene introgression? // Rus. J. Genetics. 2007. V. 43. № 2. P. 165–176.)

14.   Шедько С.В., Мирошниченко И.Л., Немкова Г.А. 2008. К систематике и филогеографии восьмиусых гольцов рода Lefua (Cobitoidea: Nemacheilidae): мтДНК-типирование L. pleskei . - Т. 44. №. 7. С. 938-947 <817-825>.

15.   Yokoyama, R., Sideleva, V.G., Shedko, S.V., Goto, A. 2008. Broad-scale phylogeography of the Palearctic freshwater fish Cottus poecilopus complex (Pisces: Cottidae) // Molecular Phylogenetics and Evolution. - Vol. 48. P. 1244–1251.

16.   Васильев В.П., Васильева Е.Д., Шедько С.В., Новомодный Г.В. 2009. Уровень плоидности калуги Huso dauricus и сахалинского осетра Acipenser mikadoi (Acipenseridae, Pisces) // Доклады Академии Наук . - Т. 426 <426>. №. 2<1>. С. 275-278 <228-231>.

17.   Vasil’eva E.D., Vasil’ev V.P., Shedko S.V., Novomodny G.V. 2010. How Many Times Has Polyploidization Occurred During Acipenserid Evolution? New Data on the Karyotypes of Sturgeons (Acipenseridae, Actinopterygii) from the Russian Far East // JOURNAL OF ICHTHYOLOGY. - V. 50. No. 10. P. 950–959.

18.   Васильева Е.Д. , Потапов С.Г., Шедько С.В. , Васильев В.П. 2011. Способна ли ханкайская востробрюшка Hemiculter lucidus (Cyprinidae) размножаться с помощью гиногенеза? // ВОПРОСЫ ИХТИОЛОГИИ . - Т. 51. Вып. 2. С. 231-238.

19.   Шедько С.В., Мирошниченко И.Л., Немкова Г.А. Филогения лососевых рыб (Salmoniformes: Salmonidae) и ее молекулярная датировка: анализ ядерного гена RAG1 // Генетика. 2012. Т. 48. №. 5. С. 676–680. (Shedko S.V., Miroshnichenko I.L., Nemkova G.A. Phylogeny of salmonids (Salmoniformes: Salmonidae) and its molecular dating: analysis of nuclear RAG1 gene // Rus. J. Genetics. V. 48. № 5. P. 575–579.)

20.   Kartavtseva I.V., Ginatulina L. K., Nemkova G. A., Shedko S. V. Chromosomal study of the lenoks, Brachymystax (Salmoniformes, Salmonidae) from the South of the Russian Far East // Journal of Species Research. 2013. Vol. 2. N 1. P. 91-98.

21.   Шедько С.В., Мирошниченко И.Л., Немкова Г.А. Филогения лососевых рыб (Salmoniformes: Salmonidae) и ее молекулярная датировка: анализ мтДНК-данных // Генетика. 2013. Т. 49. №. 6. С. 718–734.(Shedko S.V., Miroshnichenko I.L., Nemkova G.A. Phylogeny of salmonids (Salmoniformes: Salmonidae) and its molecular dating: analysis of mtDNA data // Rus. J. Genetics. V. 49. № 6. P. 623-637.)

22.   Shedko S.V., Miroshnichenko I.L., Nemkova G.A. Complete mitochondrial genome of the endangered Sakhalin taimen Parahucho perryi (Salmoniformes, Salmonidae) // Mitochondrial DNA. 2013. Vol. 24. DOI:10.3109/19401736.2013.800498.

23.   Shedko S.V., Miroshnichenko I.L., Nemkova G.A. Complete mitochondrial genome of the poorly known Amur sculpin Mesocottus haitej (Cottoidei: Cottidae) // Mitochondrial DNA. 2013. Vol. 24. DOI:10.3109/19401736.2013.819496.

Исследование актуальных вопросов популяционно-генетической структуры, видообразования и межвидовой гибридизации ряда видов утиных (Anatidae) и фазановых (Phasianidae) (Д.В. Волковский, И.В. Куликова, П.В. Фисенко):

1.       Zhuravlev Yu.N., Nechaev V.A., Kulikova I.V. 2002. Ein hybrider Erpel von Stock- und Fleckschnabelente A.platyrhynchos x A.poecilorhynchain Russlands Maritim-Provinz (Primorje) // Ornithologische Mitteilungen. Vol. 54, N 11. P. 378-379.

2.       Куликова И.В., Челомина Г.Н., Журавлев Ю.Н. . 2002. RAPD-PCR анализ генетического разнообразия маньчжурского фазана // Генетика . Т. 38, № 6. С. 836-841 <699-703>.

3.       Куликова И.В., Челомина Г.Н., Журавлев Ю.Н. . 2003. Низкая генетическая дифференциация и тесные эволюционные связи между Anas platyrhynchos и Anas poecilorhyncha // Генетика . Т. 39, № 10. С. 1353-1362 <1143-1151>.

4.       Kulikova I.V., Zhuravlev Y.N., McCracken K.G. 2004. Asymmetric hybridization and sex-biased gene flow between Eastern Spot-billed Ducks (Anas zonorhyncha) and Mallards (A.platyrhynchos) in the Russian Far East // Auk. Vol. 121, N 3. P. 930-949.

5.       Kulikova I.V., Drovetski S.V., Gibson D.D., Harrigan R.J., Rohwer S., Sorenson M.D., Winker K., Zhuravlev Y.N., McCracken K.G. 2005. Phylogeography of the Mallard (Anas platyrhynchos): Hybridization, dispersal, and lineage sorting contribute to complex geographic structure // Auk. Vol. 122, N 3. P. 949-965.

6.       Winker K.; McCracken K.G.; Gibson D.D.; Pruett C.L.; Meier R.; Huettmann F.; Wege M.; Kulikova I.V.; Zhuravlev Y.N.; Perdue M.L.; Spackman E.; Suarez D.L.; Swayne D.E. 2007. Movements of birds and avian influenza from Asia into Alaska // Emerging Infectious Diseases. Vol. 13, N 4. P. 547-552.

7.       Куликова И.В., Журавлев Ю.Н. 2009. Молекулярно-генетические исследования межвидовой гибридизации утиных на примере надвидового комплекса кряквы Anas platyrhynchos // Успехи современной биологии. Т. 129, № 2. С. 158-167.

8.       Козыренко М.М., Фисенко П.В., Журавлев Ю.Н.. 2009. Генетическая изменчивость фазана маньчжурского (Phasianus colchicus pallasi Rotschild, 1903) по данным секвенирования контрольного региона митохондриальной ДНК // Генетика . Т. 45, № 4. С. 526-535 <460-468>.

9.       Куликова И.В., Журавлев Ю.Н . 2010. Генетическая структура дальневосточной популяции свиязи Anas penelope по данным секвенирования контрольного региона мтДНК // Генетика . Т. 46, № 8. С. 1095-1101 <976-981>.

10.   Фисенко П.В. 2010. Изучение фазана обыкновенного (Phasianus colchicus Linnaeus, 1758) на Дальнем Востоке России // Вестник ДВО РАН. № 4. С. 143-148.

11.   Куликова И.В., Пойса Х., Журавлев Ю.Н. . 2012. Филогеографический анализ кряквы Anas platyrhynchos в Евразии по данным секвенирования контрольного региона мтДНК // Генетика . Т. 48, № 7. С. 835-843 <705-712>.

12.   Peters JL, McCracken KG, Pruett CL, Rohwer S, Drovetski SV, Zhuravlev YN, Kulikova I, Gibson DD, Winker K. 2012. A parapatric propensity for breeding precludes the completion of speciation in common teal (Anas crecca, sensu lato). // Molecular Ecology. Vol. 21, N 18. P. 4563–4577.

13.   Волковский Д.В., Куликова И.В., Герасимов Ю.Н., Журавлев Ю.Н. 2013. Особенности генетического разнообразия Anser albifrons Scopoli, 1769 и Anser fabalis Latham, 1787 на Дальнем Востоке России // Генетика . Т. 49. №. 4. С. 491-504 <428-440>.

Филогенетика, филогеография и генетические аспекты сохранения редких кошачьих – Pantera pardus и P. tigris (О.В. Уфыркина):

1.       Uphyrkina O., Johnson W., Quigley H., Miquelle D., and O'Brien S. J. 2001. Phylogenetics, Genome Diversity and Origin of Modern Leopard, Panthera pardus. // Molecular Ecology. Vol. 10, N 11. P. 2617-2633.

2.       Uphyrkina O., Miquelle D., Quigley H., Driscoll C., and O’Brien S.J. 2002. Conservation Genetics of the Far Eastern leopard (Panthera pardus orientlais). // Journal of Heredity. Vol. 93, N 5. P. 303-311.

3.       Uphyrkina O., O’Brien S. J. 2003. Applying Molecular Genetic Tools to the Conservation and Action Plan for the critically endangered Far Eastern leopard (Panthera pardus orientalis). // Comptes Rendus Biologies. Vol. 326, P. S93-S97.

4.       Shu-Jin Luo, Jae-Heup Kim, Warren E. Johnson, Joelle van der Walt, Janice Martenson, Marilyn Menotti-Raymond, Naoya Yuhki, Dale G. Miquelle, Olga Uphyrkina, John M. Goodrich, Howard B. Quigley, Ronald Tilson, Gerald Brady, Paolo Martelli, Vellayan Subramaniam, Charles McDougal, Sun Hean, Shi-Qiang Huang, Wenshi Pan, Ullas k.Karanth, Melvin Sunquist, James L.D. Smith, Stephen J. O'Brien. 2004. Phylogeography and Genetic Ancestry of Tigers (Panthera tigris). // PLoS Biology. Vol. 2, N 12. P. 2275-2293.

5.       Luo Shu-Jin, Johnson WE., Janice Martenson, Agostinho Antunes, Paolo Martelli, Uphyrkina Olga, Kathy Traylor-Holzer, James L.D. Smith, Stephen J. O’Brien. 2008. Subspecies Genetic Assignments of Worldwide Captive Tigers Increase Conservation Value of Captive Populations // Current Biology. Vol. 18, N 8. P. 592-596.

6.       Driscoll C.A., I. Chestin, H. Jungius, O. Pereladova, Y. Darman, E. Dinerstein, J. Seidensticker, J. Sanderson, S. Christie, S.J. Luo, M. Shrestha, Y. Zhuravlev, O. Uphyrkina, Y.V. Jhala, S.P. Yadav, D.G. Pikunov, N. Yamaguchi, D.E. Wildt, J.L.D. Smith, L. Marker, P.J. Nyhus, R. Tilson, D.W. Macdonald & S.J. O’Brien. 2012. A postulate for tiger recovery: the case of the Caspian Tiger // Journal of Threatened Taxa. Vol. 4, N 6. P. 2637-2643.

Ревизия пресноводной ихтиофауны Юга Дальнего Востока России в пределах Амурско-Маньчжурской переходной зоогеографической области – региона России, характеризующегося наивысшим разнообразием пресноводных рыб (С.В. Шедько):

1.       Шедько С.В. Список круглоротых и рыб пресных вод побережья Приморья // Чтения памяти проф. Владимира Яковлевича Леванидова. Вып. 1. Владивосток: Дальнаука, 2001. С. 229-249.

2.       Шедько С.В. О видовом составе корюшек (Osmeridae: Salmoniformes) в водах Приморья // ВОПРОСЫ ИХТИОЛОГИИ . 2001. Т. 41. Вып. 2. С. 261-264 <164-167>.

3.       Шедько С.В. Обзор пресноводной ихтиофауны // Растительный и животный мир Курильских островов (Материалы Международного Курильского проекта). Владивосток: Дальнаука, 2002. С. 118-134.

4.       Шедько С.В., Шедько М.Б. Новые данные по пресноводной ихтиофауне юга Дальнего Востока России // Чтения памяти Владимира Яковлевича Леванидова. Вып. 2. Владивосток: Дальнаука, 2003. С. 319-336.

5.       Шедько С.В. О таксономическом статусе Leuciscus sachalinensis Nikolsky, 1889 (Cypriniformes, Cyprinidae) // ВОПРОСЫ ИХТИОЛОГИИ . 2005. Т. 45. Вып. 4 <7>. С. 475-481 <496-502>.

6.       Шедько С.В., Шедько М.Б., Питч Т.В. Pungitius polyakovi sp. n. – новый вид девятииглой колюшки (Gasterosteiformes, Gasterosteidae) с юго–востока острова Сахалин // Растительный и животный мир острова Сахалин (Материалы Международного сахалинского проекта). Часть 2. Владивосток: Дальнаука, 2005. С. 223-233.

7.       Шедько С.В., Черешнев И.А. Обзор бычковых рыб (Perciformes, Gobiidae) из пресных вод Курильских островов // Чтения памяти Владимира Яковлевича Леванидова. Вып. 3. Владивосток: Дальнаука, 2005.С. 435-455.

8.       Bogutskaya N.G., Naseka A.M., Shedko S.V., Vasil’eva E.D., Chereshnev I.A. Fishes of the Amur River: updated check-list and zoogeography // Ichthyological Exploration of Freshwaters. 2008. Vol. 19. N 4. P. 301-366.

9.       Vasil’eva E.D., Vasil’ev V.P., Shedko S.V., Novomodny G.V. The Revision of the Validity of Genus Huso (Acipenseridae) Based on Recent Morphological and Genetic Data with Particular Reference to the Kaluga H. dauricus // Journal of Ichthyology. 2009. V. 49. №. 10. P. 861–867.

10.   Vasil’eva E.D., Vasil’ev V.P., Shedko S.V., Novomodny G.V. The Validation of Specific Status of the Sakhalin Sturgeon Acipenser mikadoi (Acipenseridae) in the Light of Recent Genetic and Morphological Data // Journal of Ichthyology. 2009. V. 49. №. 10. P. 868–873.

11.   Pietsch T.W., Bogatov V.V., Storozhenko S.Yu., Leley A.S., Barkalov V.Yu., Takahashi H., Joneson S.L., Kholin S.K., Glew K.A., Harpel J.A., Krestov P.V., Makarchenko E.A., Manakawa N., Ohara M., Bennett D.J., Anderson T.R., Crawford R.L., Prozorova L.A., Kuwahara Y., Shedko S.V., Yabe M., Woods P.J., Stevenson D.E. Biodiversity and biogeography of Sakhalin Island // Растительный и животный мир островов северо-западной части Тихого океана (Материалы Международного курильского и Международного сахалинского проектов). Владивосток: Дальнаука, 2012. P. 11–78.

12.   Рыбы Курильских островов (колл. моногр. под ред. О.Ф. Гриценко). М.: Изд-во ВНИРО, 2013. 384 с.

Участие в работе над темами, развиваемыми коллегами из других лабораторий Биолого-почвенного института (О.В. Уфыркина, С.В. Шедько):

1.       Крюков А.П., Уфыркина О.В., Челомина Г.Н. 1992. Анализ генома ворон (Corvidae, Passeriformes) из зоны перекрывающихся ареалов и гибридизации // Генетика . Т. 28, № 6. С. 136-140.

2.       Уфыркина О.В., Крюков А.П., Рысков А.П., Васильев В.А. 1994. Привлечение методов генетики и молекулярной биологии для изучения генетической структуры популяций ворон гибридной зоны // Генетика . Т. 30, С. 162-163.

3.       Уфыркина О.В., Васильев В.А., Крюков А.П., Рысков А.П. 1995. Геномная дактилоскопия ворон: изучение генетической структуры популяций гибридной зоны // Генетика. // Генетика . Т. 31, № 7. С. 883-888.

4.       Ермоленко А.В., Беспрозванных В.В., Шедько С.В. Фауна паразитов лососевых рыб (Salmonidae, Salmoniformes) Приморского края. Владивосток: Дальнаука, 1998. 89 с.

5.       Ермоленко А.В., Степанцова Т.Г., Шедько С.В. Паразитофауна Thymallus arcticus grubei из рек Приморского края // Паразитология. 1999. Т. 33. №. 2. С. 156-159.

6.       Крюков А.П., Коробицына К.В., Якименко Л.В., Фрисман Л.В., Рослик Г.В., Уфыркина О.В., Мориваки К., Йонекава Х. 2001. Природные гибридные зоны как источник генетической изменчивости // Вестник ВОГиС. № 16. С. 12-14.

7.       Шедько М.Б., Шедько С.В. Паразитические копеподы рода Salmincola (Copepoda, Lernaeopodidae) дальневосточных гольцов Salvelinus (Salmonidae) с описанием нового вида S. markewitschi // ЗООЛОГИЧЕСКИЙ ЖУРНАЛ (ZOOLOGICHESKY ZHURNAL) . 2002. Т. 81. №. 2. С. 141-153.

8.       Шедько М.Б., Шедько С.В. Морфология и распространение Salmincola stellatus (Copepoda: Lernaeopodidae) от сахалинского тайменя Parahucho perryi (Salmonidae) из Приморья // Паразитология. 2003. Т. 37. № 1. С. 60-68.

9.       Шедько М.Б., Шедько С.В., Виноградов С.А. Фауна паразитических копепод семейства Lerbaeopodidae (Crustacea: Copepoda) рыб острова Сахалин // Растительный и животный мир острова Сахалин (Материалы Международного сахалинского проекта). Часть 2. Владивосток: Дальнаука, 2005.С. 52-63.

10.   Саенко Е.М., Шедько С.В. Анализ морфологической изменчивости глохидиев беззубок Anemina, Buldowskia и Amuranodonta (Anodontinae, Unionodae) // Чтения памяти Владимира Яковлевича Леванидова. Вып. 3. Владивосток: Дальнаука, 2005. С. 273-288.

11.   Богатов В.В., Питч Т.У., Стороженко С.Ю., Баркалов В.Ю., Лелей А.С., Холин С.К., Крестов П.В., Костенко В.А., Макарченко Е.А., Прозорова Л.А., Шедько С.В. Особенности формирования наземной и пресноводной биоты острова Сахалин // ВЕСТНИК ДВО РАН. 2006. Вып. 2. С. 32-47.

12.   Veremeichik G.N., Shkryl Y.N., Bulgakov V.P., Shedko S.V., Kozhemyako V.B., Kovalchuk S.N., Krasokhin V.B., Zhuravlev Y.N., Kulchin Y.N. Occurrence of a silicatein gene in glass sponges (Hexactinellida: Porifera). // Marine Biotechnology. 2011. Vol. 13. P. 810-819.